I Musei Vaticani sorgono su un lato dello Stato della Città del Vaticano che non coincide con l'ingresso più noto ai turisti, quello di Piazza San Pietro. L'accesso ai Musei si trova più a nord, in Viale Vaticano, e questa distanza fisica tra i due punti (circa 1,5 km a piedi lungo le Mura Leonine) è la causa più comune di ritardi ed equivoci il giorno della visita. Vale la pena chiarire in anticipo quale strada prendere.
Il modo più rapido per raggiungere i Musei da qualunque punto di Roma servito dalla metropolitana è la linea A, direzione Battistini, con discesa a Ottaviano o a Cipro. Da entrambe le fermate l'ingresso dei Musei si raggiunge a piedi in pochi minuti, seguendo la segnaletica pedonale che accompagna il flusso turistico lungo Viale Vaticano. È l'opzione da preferire per chi alloggia in zona Termini, Repubblica o lungo l'asse centrale della linea A: nessun cambio, nessuna dipendenza dal traffico di superficie.
Chi si muove in superficie ha più alternative. La linea 49 ferma direttamente nel piazzale antistante l'ingresso dei Musei; le linee 32, 81 e 982 fermano invece in Piazza del Risorgimento, così come il tram 19; le linee 492 e 990 fermano su Via Leone IV / Via degli Scipioni. Per chi arriva da quartieri non serviti dalla metro A, il bus 49 resta il collegamento più diretto, perché evita la camminata finale che le altre fermate comportano.
Chi ha già visitato la Basilica di San Pietro e pensa di raggiungere i Musei a piedi lungo le Mura Vaticane deve mettere in conto una camminata di circa 20-25 minuti, quasi interamente priva di ombra nei mesi caldi. È un percorso praticabile, ma non il più comodo per chi ha già camminato a lungo in basilica: la metro o il bus 49, in questo caso, restano un'alternativa più rapida e meno faticosa, soprattutto in estate.
Chi soggiorna nel centro storico, tra Piazza Navona e il Pantheon, trova spesso più comodo il tragitto a piedi combinato con un tratto di tram 19 o di autobus, evitando la necessità di raggiungere prima una stazione della metro A. Chi invece alloggia vicino a Termini, o in un quartiere periferico ben servito dalla linea A, ha nella metro l'opzione più prevedibile: a differenza degli autobus di superficie, il tempo di percorrenza non dipende dal traffico cittadino, un fattore da non sottovalutare a Roma nelle ore di punta. Vale la pena scegliere il mezzo in base al proprio punto di partenza reale, non in base a quale sembra "il più turistico": spesso la soluzione più efficiente è la meno fotografata nelle guide.
Arrivare in orario non basta a evitare l'attesa: fuori dall'ingresso dei Musei si forma regolarmente una fila, più lunga nelle ore centrali della mattina. Chi vuole eliminare questa variabile dal proprio itinerario può abbinare il trasporto a un accesso prioritario, così da scendere dal bus o dalla metro e superare l'ingresso senza attese aggiuntive.

Questo tipo di soluzione ha senso soprattutto per chi non alloggia vicino alla fermata Ottaviano e vuole ridurre al minimo il numero di trasferimenti nella giornata dedicata al Vaticano: un unico biglietto copre sia l'ingresso ai Musei sia gli spostamenti in autobus verso le altre tappe del centro.
